Con il semaforo verde nella pit lane, i piloti della Moto3 aspettano un paio di minuti prima di scendere in pista. Il tempo più veloce del weekend è stato segnato da Brad Binder (1’46”5), 4 decimi più lento del record della pista detenuto da Jack Miller (1’46”1). Dopo 3 giri, Navarro e Bastianini girano nell’ordine del minuto e 47 secondi esatti (1’47”001 per lo spagnolo, 1’47”027 per l’italiano). Jorge Martin è 3° (+0”357) e precede Brad Binder (+0”429) e Francesco Bagnaia (+0”439), divisi da appena 10 millesimi. Bulega è 7° (+0”462) alle spalle di Quartararo (+0”445), Fenati 9° (+0”770). Dopo 10 minuti e 3/4 giri completati, tutti i piloti rientrano ai box per il consueto consulto tecnico con i meccanici, l’ultimo ad entrare nella pit lane è Joan Mir.
La sosta dura mediamente 5 minuti: il primo ad uscire è Brad Binder che monta una coppia di mescole medie. Il Sudafricano, dopo un paio di giri, migliora il suo tempo di quasi 4 decimi. Nel frattempo arriva la comunicazione che la FP4 della MotoGP sarà posticipata di 15 minuti a causa di un virus intestinale che ha colpito la maggior parte dei tecnici Michelin addetti al montaggio gomme. Karel Hanika cade alla curva 2, fortunatamente senza conseguenze. A 18 minuti dal termine, Nicolò Bulega sorprende tutti e si porta in cima alla classifica: 1’46”223 per il Campione del CEV Moto3 2015. Navarro è 2° (1’46”678) seguito da Antonelli (1’46”705) che si porta nelle posizioni che contano. Bastianini è 4° (1’46”827). Antonelli però, cade alla curva 13: il pilota, dopo il lowside, si rialza a fatica, zoppicando visibilmente; l’italiano però torna subito ai box e si rimette in sella. Fenati nel frattempo si migliora ed è 8° (1’47”358), Bagnaia 11° (1’47”421), Di GIannantonio è 19° (1’47”780).
A 12 minuti dal termine delle qualifiche, i piloti rientrano ai box per la seconda sosta, e soprattutto per montare le gomme di mescola più morbida. Questa la top 10 (che a breve verrà stravolta): Bulega, Navarro, Antonelli, Bastianini, Guevara, Binder, Oettl, Fenati, Kornfeil, Martin. Nel frattempo arriva la notizia che tutte le sessioni in programma per oggi saranno posticipate.
I piloti rientrano in pista quando mancano solo 6 minuti alla bandiera a scacchi, i piloti dello Sky Racing Team VR46 sono tra gli ultimi ad uscire, Antonelli sembra rimanere ai box. Binder si porta 2° a 213 millesimi da Bulega, Bagnaia è 7°, Canet invece si porta nella posizione numero 9, Arenas guizza nella posizione numero 11. A 2 minuti dal termine Bastianini scivola alla curva 2, ma si rimette subito in sella. Nel frattempo Bagnaia si migliora ancora e si porta 4°, Mir 7°, Fenati 9°.